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Regine von Ramin-Labor für Molekulare Rheumatologie

Auf der Suche nach Krankheits-relevanten Genregulationsmustern

Einleitung
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Kooperationpartner
Ausgewählte Publikationen

Das Regine-von-Raminlabor hat zum Ziel, mittels Hochdurchsatz-Technologien Krankheitsbedingte  Veränderungen in genau definierten Zellpopulationen, die beispielsweise aus dem Blut oder lymphatischen Organen isoliert worden sind, auf Genregulationsebene aufzudecken. Da hierbei die Aktivität sämtlicher Gene, ca. 20.000 beim Menschen,  und zusätzlich noch sog. nicht-codierende Genbereiche sowie sog. miRNA‘s analysiert werden,  lassen sich aus derart generierten Datensätzen das Zusammenspiel unterschiedlicher Moleküle und somit auch neue Hypothesen zu möglichen Krankheitsmechanismen ableiten.

Im Dezember 2004 wurde durch den großzügigen Nachlass von Frau von Ramin und einer Kofinanzierung aus Mitteln der Senatsverwaltung WiFoKu das Regine-von-Ramin Labor für Molekulare Rheumatologie (RvR-Labor) gegründet. In diesem gemeinsam von den Arbeitsgruppen des DRFZ und den Liaisongruppen der Charité genutzten Service Labor werden vornehmlich genomweite Transkriptom-Analysen durchgeführt. Hierbei kommen sowohl die Chip-basierte Affymetrix®-Technologie als auch die Next-Generation Sequencing Technologie (NGS) von Illumina® zum Einsatz.

Seit mehr als 20 Jahren wurden eine Vielzahl an Zell-, Krankheits- und Gewebe-spezifischen Transkriptomen erstellt, die eine wertvolle Quelle auch für zukünftige Analysen sind, um bei neu aufkommenden Fragestellungen oder neu entwickelten Hypothesen nach entsprechenden Genen bzw. Gensignaturen schauen zu können.

Hierfür wurde 2006 von Mitarbeitern der Charité und des DRFZ gemeinsam die Charité Ausgründung „BioRetis“ gegründet, die eine Datenbank bzw. Webapplikation entwickelt hat, in der die meisten der annähernd 2.000 im Ramin-Labor generierten sowie zusätzlich frei verfügbaren Datensätze für Analysezwecke zur Verfügung stehen (www.bioretis.com).

Für noch tiefergehende Analysen wurde die NGS-Technologie etabliert, die es ermöglicht, nicht nur bekannte Gensequenzen zu analysieren, sondern das gesamte Transkriptom inklusive nicht-codierender Bereiche sowie sog. microRNA’s, die aus nur sehr kurzen Gensequenzen bestehen (i.d.R. 21 bis 23 Nukleotide) und vor allem genregulatorische Aufgaben besitzen. Außerdem ermöglicht die NGS-Technologie die Erstellung von Immunrezeptor Repertoires von T- und B-Lymphozyten durch Targeted-Sequenzierung, die Bestimmung des Mikrobioms mit Hilfe der 16S-Sequenzierung.

Gruppenleiter
    Dr. rer. nat. Andreas Grützkau
    Dr. Mir-Farzin Mashreghi

Stichworte
Transkriptom-Analysen
Gensignaturen
Genchip-Analysen
Next Generation Sequencing

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Gruppenleiter
Dr. rer. nat. Andreas Grützkau
PD Dr. med. Thomas Häupl
Dr. rer. nat. Mir-Farzin Mashreghi

Technische Leitung
Dr. Gitta Heinz
Dipl. Biotech. Katrin Lehmann

Technische Assistenz
Heike Hirseland

Gruppenleiter
    Dr. rer. nat. Andreas Grützkau
    Dr. Mir-Farzin Mashreghi

Stichworte
Transkriptom-Analysen
Gensignaturen
Genchip-Analysen
Next Generation Sequencing

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Dr. rer. nat. Joachim Grün, DRFZ

Dr. rer. nat. S Fillatreau, Dr. rer. nat. Chiara Romagnani, Dr. rer. nat. A Hutloff, Dr. rer. nat. K Tokoyoda, DRFZ

PD Dr. med. K Pels, PD. Dr. med. E. Schott, Dr. rer. nat. C Daridon, Prof. Dr. med. T Dörner, Dr. med. S Mercan,Dr. rer. nat. K Kappert, Charité – Universitätsmedizin Berlin

Prof. Dr. rer. nat. A Thiel, BCRT – Charité

Prof. Dr. rer. nat. F Melchers, Max-Planck-Institut für Infektionsbiologie, Berlin

PD Dr. rer. nat. U Höpken, Max Delbrück
Zentrum, Berlin-Buch

PD Dr. rer. med. H Eibel, Universitätsklinikum, Freiburg

Prof. Dr. med. B Bröker, Immunologie,
Greifswald

Dr. F Apparailly, Dr. H Yssel, INSERM, Montpellier, Frankreich

Prof. Dr. W Maslinski, Institute of Rheumatology, Warschau, Polen

Dr. rer. nat S. Wild, Miltenyi Biotech, Bergisch-Gladbach

Gruppenleiter
    Dr. rer. nat. Andreas Grützkau
    Dr. Mir-Farzin Mashreghi

Stichworte
Transkriptom-Analysen
Gensignaturen
Genchip-Analysen
Next Generation Sequencing

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Derer A, Böhm C, Grötsch B, Grün JR, Grützkau A, Stock M, Böhm S, Sehnert B, Gaipl U, Schett G, Hueber AJ, David JP. Rsk2 controls synovial fibroblast hyperplasia and the course of arthritis. Ann Rheum Dis. 2016 Feb;75(2):413-21.

Stervbo U, Bozzetti C, Baron U, Jürchott K, Meier S, Mälzer JN, Nienen M, Olek S, Rachwalik D, Schulz AR, Neumann A, Babel N, Grützkau A, Thiel A.Effects of aging on human leukocytes (part II): immunophenotyping of adaptive immune B and T cell subsets. Age (Dordr). 2015 Oct;37(5):93.

Stervbo U, Meier S, Mälzer JN, Baron U, Bozzetti C, Jürchott K, Nienen M, Olek S, Rachwalik D, Schulz AR, Waldner JM, Neumann A, Babel N, Grützkau A, Thiel A. Effects of aging on human leukocytes (part I): immunophenotyping of innate immune cells. Age (Dordr). 2015 Oct;37(5):92

Jürchott K, Schulz AR, Bozzetti C, Pohlmann D, Stervbo U, Warth S, Mälzer JN, Waldner J, Schweiger B, Olek S, Grützkau A, Babel N, Thiel A, Neumann AU. Highly Predictive Model for a Protective Immune Response to the A(H1N1)pdm2009 Influenza Strain after Seasonal Vaccination. PLoS One. 2016 Mar 8;11(3): e0150812.

Alissafi T, Hatzioannou A, Ioannou M, Sparwasser T, Grün JR, Grützkau A, Verginis P. De novo-induced self-antigen-specific Foxp3+ regulatory T cells impair the accumulation of inflammatory dendritic cells in draining lymph nodes. J Immunol. 2015 Jun 15;194(12):5812-24

Duroux-Richard I, Roubert C, Ammari M, Présumey J, Grün JR, Häupl T, Grützkau A, Lecellier CH, Boitez V, Codogno P, Escoubet J, Pers YM, Jorgensen C, Apparailly F. iR-125b controls monocyte adaptation to inflammation through mitochondrial metabolism and dynamics. Blood. 2016 Dec 29;128(26):3125-3136

Gruppenleiter
    Dr. rer. nat. Andreas Grützkau
    Dr. Mir-Farzin Mashreghi

Stichworte
Transkriptom-Analysen
Gensignaturen
Genchip-Analysen
Next Generation Sequencing

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